2006年，我国医药行业在消化了许多不利因素后，工业生产继续保持了平稳增长的态势，销售情况也相对较好，但经济效益增幅较2005年同期大幅下降。其中，化学原料药、化学药品制剂和中成药这三个主要领域效益下滑是2006年出现的突出问题。
整体盈利下降行业亏损扩大
2006年，全国医药工业累计实现利润397.24亿元，同比增长10.61%，增幅较上年明显下降，全年呈波浪形增长态势，但一直处于历史低位。医药行业整体盈利能力下降，主要与化学药品制剂和中成药这两个主要子行业的效益下滑有关。出现亏损企业1310家，行业亏损面有所加大，为22.84%，累计亏损额44.02亿元，亏损额同比增长27.99%。
从分行业的利润看，增幅高于全行业平均水平的子行业为卫生材料、医疗器械、中药饮片加工、化学原料药和生物生化制品等5个行业，其分别实现利润15.64亿、41.68亿、10.37亿、71.99亿和41.31亿元，同比分别增长了54.92%、26.37%、24.58%、17.87%和14.06%；化学药品制剂和中成药行业的利润占全行业的53.90%，分别实现利润115.78亿元和98.32亿元，同比增长分别仅为2.34%和3.44%；而制药机械行业实现利润总额2.16亿元，同比下降了4.66%；作为行业利润贡献最大的两个领域--化学药品制剂和中成药两个成品药领域效益增幅大幅下滑，直接影响了全行业经济效益的增长。
2006年，医药国有经济累计实现利润14.46亿元，同比下降了0.09%；集体经济累计实现利润4.42亿元，同比增长25.61%；股份制经济累计实现利润128.36亿元，继续处于领先地位，同比增长6.62%；外商与港澳台投资经济累计实现利润94.77亿元，同比增长6.82%；其他经济累计实现利润34.93亿元，同比增长34.97%。
从企业规模来看，占全行业利润17.70%的大型企业实现利润70.30亿元，同比下降3.96%；对全行业利润贡献最大的中型企业，实现利润198.06亿元，同比增长4.97%，占全行业利润的比例为49.86%；小型企业实现利润128.89亿元，同比增长32.51%，占全行业利润的比例为29.71%。
从地区分布看，利润排名前10位的省、市中，利润增幅落后于全行业平均增幅的省市有5个。其中，浙江省、北京市和天津市的利润增幅呈负增长。增幅超过行业平均水平的省市中，河南省、山东省和四川省的增长势头较好。
经济效益持续下滑，表明我国医药经济运行质量并不乐观，这将成为我国医药行业发展的重要制约因素。
